Habib Muhammad bin Salim bin Hafidz bin Abdullah bin Abu Bakar bin ‘Aydrus bin ‘Umar bin ‘Aydrus bin ‘Umar bin Abu Bakar bin ‘Aydrus bin Husein bin As-Syekh Al Kabir Al-Qutb As-Syahir Abu Bakar bin Salim bin Abdullah bin Abdurrahman bin Abdullah bin Sayyidina Syekh Al-Imam Al-Qutb Abdurrahman As-segaf bin Syekh Muhammad Maula Ad-Dawilayh bin Syekh Ali Shohibud Dark bin Sayyidina Al-Imam Alwi Al-Ghuyur bin Sayyidina Al-Imam Al-Faqih Al-Muqaddam muhammad bin Sayyidina Ali bin Sayyidina Al-Imam Muhammad Shohib Marbat bin Sayyidina Al-Imam Kholi Qosam bin Sayyidina Alwi bin Sayyidina Al-Imam Muhammad Shohib As-Shouma’ah bin Sayyidina Al-Imam Alwi Shohib Saml bin Sayyidina Al-Imam Ubaidillah Shohibul Aradh bin Sayyidina Al-Imam Muhajir Ahmad bin Sayyidina Al-Imam Isa Ar-Rumi bin Sayyidina Al- Imam Muhammad An-Naqib bin Sayyidina Al-Imam Ali Al-Uraydhi bin Sayyidina Al-Imam Ja’far As-Shodiq bin Sayyidina Al-Imam Muhammad Al-Baqir bin Sayyidina Al-Imam Ali Zainal Abidin bin Sayyidina Al-Imam As-Syahid Syababul Jannah Sayyidina Al-Husein. Rodiyallahu ‘Anhum Ajma’in.

Selain dikenal sebagai seorang pendidik yang ulung, beliau juga giat berdakwah menyeru orang-orang ke jalan Allah swt dan menyebarkan ilmu-ilmu syari’at. Prinsipnya dalam berdakwah, beliau tak kenal menyerah, bahkan siap mengorbankan jiwa, raga dan harta untuk meraih keridhaan Allah swt.

Habib Muhammad lahir di Misthoh, sebuah kampung kecil di pinggiran kota Tarim pada tahun 1332 H. Sedari kecil beliau telah mendapat pendidikan agama dan budi pekerti langsung dari ayahandanya, Habib Salim bin Hafidz. Wajarlah, ketika usianya tumbuh dewasa, pribadi Habib Muhammad dipenuhi budi pekerti dan sifat-sifat yang mulia.

Selain dididik sang ayah, beliau juga belajar dengan para ulama dan habaib yang ada di Hadramaut. Di antaranya Habib Ali bin Abdurrahman Al-Masyhur, Habib Abdullah bin Umar Asy-Syatiri, Habib Alwi bin Abdullah bin Syihab dan banyak lagi guru alim lainnya.
Semangat belajar yang tinggi, ditunjang dengan kecerdasan yang telah tumbuh sejak kecil, membuat Habib Muhammad tidak hanya memilih satu bidang ilmu keahlian, beliau mempelajari ilmu agama hampir secara keseluruhan, meliputi segala ilmu agama, seperti ilmu hadits, tafsir, fiqih, ushul, nahwu, balaghah, tasawuf, falaq dan lain-lain. Untuk memperoleh berbagai macam bidang ilmu itu, beliau harus sering bepergian jauh meningggalkan kampung halamannya untuk bertemu ulama-ulama yang berada di Makkah, Madinah, juga India, Pakistan dan negeri-negeri lainnya.

Selepas menimba ilmu dari banyak Alim Ulama dan dari berbagai negeri, beliau kembali ke kampong halamannya dan beliau mendirikan majelis ilmu. Habib Muhammad sangat memperhatikan bidang pendidikan . besar harapannya, adanya lembaga pendidikan akan memberikan manfaat terbaik kepada kaum muslimin dimanapun.

Maka wajarlah bila medan dakwah yang beliau kembangkan tidak hanya di sekitar Hadramaut, tapi juga ke Makkah, Madinah dan negeri-negeri terdekat, seperti Afrika, Pakistan dan lain-lain. Agar lebih menyebar luas, beliau tidak saja berdakwah secara lisan, tapi juga bil qalam ( dengan tulisan ), dengan mengarang kitab Takmilah Zubdatul Hadits Fil Faraidh dan Al Miftah Libabin Nikah. Karena ketinggian ilmunya, beliau dipilih sebagai Mufti kota Tarim.

Sekalipun sudah menjadi orang alim, Habib Muhammad dikenal sangat menghormati guru-gurunya, memperhatikan segala perintah, dan mengutamakan hak-hak mereka ketika masih hidup maupun sudah wafat. Beliau juga selalu berbakti dan patuh terhadap orang tua, berbuat baik terhadap keluarga, memiliki sifat sabar, selal;u memberi maaf, dan apabila dimusuhi akan balas dengan kebaikan, selalu tunduk dan khusyu’ kepada Allah swt, sangat tawadhu’, tidak mengumbar kegembiraan dengan hal-hal bersifat duniawi. Ya, segala perangi terpuji terkumpul dalam keperibadian Habib Muhammad.

Habib Muhammad menghabiskan waktunya dengan bermacam-macam ibadah dan mendekatkan diri kepada Allah swt. Beliau tidak pernah meninggalkan ibadah malam hari. Aktivitasnya dipenuhi dengan membaca Al-Qur’an, berdzikir, mengajar, menulis, ziarah, memberi fatwa ilmu dan menolong sesama. Bahkan pernah, dalam satu hari, beliau hadir dalam 16 majelis ilmu.

Habib Muhammad selalu ridha karena Allah swt, dan marah apabila hak-hak Allah swt diremehkan. Beliau pemberani, tidak takut segala rintangan yang menghalanginya dalam berdakwah. Hingga suatu waktu, beliau dipanggil oleh pemerintah pemberontak komunis di negeri itu pada bulan Dzulhijjah 1392 H. tak pernah kembali, dan sejak itulah beliau dianggap telah gugur sebagai syahid dunia dan akhirat, dalam usia 60 tahun.

Ketika itu, beliau datang bersama seorang anak berusia 9 tahun. Dengan sabar dan penuh ketabahan, ketika dipanggil ke barak, beliau berkata kepada si anak, yang tiada lain Habib Umar, “Nak, tunggulah disini, Ayah pergi sebentar. Tunggu Ayah sampai kembali.” Habib Muhammad lalu melepas surban dan menyerahkannnya kepada Habib Umar.

Lama ditunggu, Habib Muhammad tak kembali. Kemudian Habib Umar masuk ke dalam barak sembari membawa surban ayah tercinta, dan bertanya kepada petugas yang berjaga. Namun tidak ada yang bisa mewmberikan jawaban yang sebenarnya, hingga ada orang yang iba melihat anak kecil itu dan kemudian membawanya pulang dan mendidiknya menjadi orang yang alim. Dialah yang dikemudian hari dikenal sebagai pemimpin Pondok Pesantren Darul Musthafa, Habib Umar bin Muhammad bin Salim bin Hafidz Ibnu Syekh Abu Bakar bin Salim