Beliau R.a adalah kakek dari Habib Hasan bin Ja’far Assegaf. Beliau lahir tahun 1889 di kota Palembang. Ayah beliau Al Habib Ja’far adalah seorang saudagar besar dan beliau mempunyai saudara Al Habib Ali bin Ja’far Assegaf yang pertama kali di Indonesia menukil silsilah para habaib di Indonesia.

 Dimasa kecil beliau menghafal :

Hadits Arbain An Nawawiyyah
Zubad (kitab)
Kitab Muwatto Imam Malik pada usia 15 tahun

Pada umur 20 tahun beliau berguru dengan Al Habib Ahmad bin Hasan Alatas, Hadhramaut dan Al Habib Ali bin Muhammad bin Husein Al Habsyi. Lalu melanjutkan pergi haji yang pertama pada usia 25 tahun. Kemudian beliau menuju ke Palembang dan bersyiar dengan sahabat beliau Al Habib Alwi bin Syeikh Assegaf. Disitu beliau bertemu dengan ulama–ulama besar diantaranya Al Habib Abdullah bin Muchsin Alattas sekaligus guru beliau.

Pada umur 30 tahun beliau menuju Surabaya, Madiun, Jepara, Semarang, Pekalongan, Tegal, Cirebon, dan menikahi putri pondok pesantren “Buntet” K.H Abdullah Anshori, yang bernama Siti Jamilah binti Abdullah Anshori.

Pada umur 35 tahun berdakwah di Banten sampai usia 40 tahun, lalu menuju Jakarta dan bertemu dengan sahabat-sahabat beliau, diantaranya

Al Habib Ali bin Abdurrahman Al Habsyi
Al Habib Ali bin Husein Alattas
Al Habib Salim bin Ahmad bin Jindan
Al Habib Sholeh bin Muchsin Al Hamid, Tanggul
Al Habib Alwi bin Muhammad Al Haddad, Tegal

Dan bermukim di Jakarta di Kebayoran Lama. Masa muda beliau di isi dengan berdakwah dan menuntut ilmu bersama Al Habib Abdullah bin Muchsin Alattas dan Al Habib Ustman bin Abdullah bin Aqil bin Yahya

Sampai beranjak umur 40 tahun beliau berdakwah atas perintah guru-guru beliau yang telah wafat.

Keramat Beliau
Satu diantaranya, beliau di kepung di zaman gerombolan perampok, lalu ditanya,”Siapa yang menyuruhmu kemari, Wahai orang yang berjenggot putih? ”spontan beliau mengatakan “Allah”. Tiba-tiba gerombolan tersebut kaku bagaikan patung, yang akhirnya semua gerombolan tersebut taubat kepada Allah.

Perjumpaan dengan Nabi Khidir A.S
Suatu hari ada orang yang datang kepada beliau dengan pakaian compang camping lalu beliau berkata; ”Selamat datang wahai Nabiyullah Khidir”. Dan memberi ijazah kepada beliau do’a sapu jagat sebanyak sebanyak 15.000 x setiap hari.

Perjumpaan beliau dengan Nabi Muhammad SAW
Suatu hari dikala beliau sedang berdakwah karena beliau menghafal Al Qur’an beliau bersemangat menerangkan isi Al Qur’an di perayaan Maulid, tiba-tiba beliau menjelaskan ayat yang berbunyi :

"LAQOD JAA-AKUM ROSUULUM MIN ANFUSIKUM ‘AZIIZUN ‘ALAIHI MAA ‘ANITTUM HARIISHUN ‘ALAIKUM BIL MU’MINIINA RO’UUFUR ROHIIM. FA’IN TAWALAU FAQUL HASBIYAALLAHU LAA ILAAHA ILLAA HUWA‘ALAIHI TAWAKKALTU WA HUWA ROBBUL ‘ARSYIL-AZHIIM"
 
Setelah selesai ayat itu dibaca beliau menangis, dan ditanya murid beliau : “Mengapa Habib menangis?” beliau menjawab : “ didepanku ada Rasulullah SAW “.

Pada masa tua beliau tak lepas membaca manaqib Tuan Syeikh Abdul Qadir Zaelani, dan membaca Asmaul Husna. Yang akhirnya pada bulan Dzulhijjah (Idul Adha) tepat tanggal 10 hari kamis ba’da Ashar pada usia 99 tahun beliau menutup akhir hayatnya. Dengan sakit demam yang ringan. Terhembus dari lisan beliau kalimat terakhir “Laa ilaha illallah Muhammadurrasulullah”.

Pada tahun 1990 disholatkan di Bogor, yang dipimpin langsung oleh anak Habib Abdullah bin Muchsin Alatas yaitu Al Habib Husien bin Abdullah Alattas. Dan dikebumikan hari Jum’at di Cibedug Bogor, Jawa Barat.

“Disarikan oleh Al Habib Ja’far bin Umar Assegaf”