Habib Hasan bin Thoha bin yahya yang lebih terkenal dengan nama Syekh Kramat Jati, lahir di kota Inat (Hadramaut), dari pasangan Habib Thoha bin Yahya dengan Syarifah Aisyah binti Abdullah Al-Idrus. Beliau mendapat pendidikan langsung dari kedua orang tuanya sampai hafal Al Qur’an sebelum usia tujuh tahun. Kecerdasan dan kejernihan hati yang dimiliki, menjadikannya sebelum menginjak dewasa, telah banyak hafal kitab-kitab hadist, fiqh dan lain sebagainya.

Disamping belajar ilmu syariat, Habib Hasan juga belajar ilmu Thoriqoh dan hakikat kepada para ulama’ dan Auliya’ waktu itu. Diantara guru beliau adalah Habib Umar bin Smith seorang wali Qutub pada zaman itu, Quthbil Ghouts Al Habib Alwi bin Abdullah Bafaqih dan masih banyak guru yang lain. Habib Hasan selalu mendapat ijazah dari setiap ilmu yang di dapatinya baik ijazah khusus maupun umum. Ilmu yang beliau miliki baik syariat, Thoriqoh maupun hakikat sangat luas bagaikan lautan sehingga di kalangan kaum khos (khusus) maupun awam dakwah beliau bisa diterima dengan mudah. Maka tak heran bila fatwa-fatwa beliau banyak didengar oleh pembesar kerajaan waktu itu.

Pada waktu muda, setelah mendapat ijin dari gurunya untuk berdakwah dan mengajar, beliau masuk dulu ke Afrika di Tonja, Maroko dan sekitarnya, kemudian ke daerah Habsyah, Somalia terus ke India dan Penang Malaysia untuk menemui ayahnya.

Setelah tinggal beberapa waktu di Penang, beliau mendapat ijin dari ayahnya untuk ke Indonesia guna meneruskan dakwahnya. Beliau pertama kali masuk ke Palembang kemudian ke Banten. Pada saat tinggal di Banten, beliau diangkat oleh Sultan Rofiudin, atau Sultan Banten yang terakhir waktu itu menjadi Mufti Besar. Di Banten beliau bukan hanya mengajar dan berdakwah, tetapi juga bersama-sama dengan pejuang Banten dan Cirebon mengusir penjajah Belanda. Walaupun Sultan Rofi’udin telah ditangkap dan dibuang ke Surabaya oleh Belanda, tetapi Habib Hasan yang telah menyatukan kekuatan pasukan Banten dan Pasukan Cirebon tetap gigih mengadakan perlawanan.

Setelah itu beliau meneruskan dakwahnya lagi ke Pekalongan-Jawa Tengah. Di Pekalongan beliau mendirikan Pesantren dan Masjid di desa Keputran dan beliau tinggal di desa Ngledok. Pondok Pesantren itu terletak di pinggir sungai, dulu arah sungai mengalir dari arah selatan Kuripan mengalir ke tengah kota menikung sebelum tutupan Kereta Api. Tetapi dengan Karomah yang dimiliki Habib Hasan, aliran sungai itu dipindah ke barat yang keberadaanya seperti sampai sekarang.

Pengaruh Habib Hasan mulai dari Banten sampai Semarang memang sangat luar biasa, tidak mengherankan bila Belanda selalu mengincar dan mengawasinya. Dan pada tahun 1206 H/1785 M terjadilah sebuah pertempuran sengit di Pekalongan. Dengan kegigihan dan semangat yang dimiliki Habib Hasan dengan santri dan pasukannya, Belanda mengalami kewalahan. Tetapi sebelum meletusnya Perang Padri Pesantren Habib Hasan sempat dibumi hanguskan oleh Belanda.

Akhirnya Habib Hasan bersama pasukan dan santrinya mengungsi ke Kaliwungu, tinggal disuatu daerah yang sekarang di kenal dengan desa Kramat. Atas perjuangan, kearifan, serta keluasan ilmu yang terdengar oleh Sultan Hamengkubuwono ke II membuatnya menjadi kagum kepada Habib Hasan.

Karena kekaguman tersebut akhirnya Habib Hasan diangkat menjadi menantu Sultan Hamengkubuwono ke II dan daerah yang ditempati mendapat perlindungannya.

Di Kaliwungu beliau tinggal bersama sahabatnya bernama Kyai Asy’ari seorang ulama besar yang menjadi cikal bakal pendiri Pesantren di wilayah Kaliwungu (Kendal ), guna bahu membahu mensyiarkan Islam. Masa tua hingga wafatnya Habib Hasan tinggal di Semarang tepatnya di daerah Perdikan atau Jomblang yang merupakan pemberian dari Sultan HB II.

Thoriqoh yang dipegang oleh Habib Hasan adalah Thoriqoh Saadatul Alawiyyin (Alawiyyah). itulah yang diterapkan untuk mendidik keluarga dan anak muridnya, seperti membaca aurod Wirdul Latif, dan istiqhfar menjelang Maghrib. Setelah berjamaah maghrib dilanjutkan sholat sunah Rowatib, tadarus Al qur’an, membaca Rotib dari Rotibul Hadad, Rotibul Athos, Rotibul Idrus dan wirid Sadatil Bin Yahya serta Rotibnya. Terus berjamaah sholat Isya’ selanjutnya membaca aurad dan makan berjama’ah.

Diantara kebiasaan beliau yang tidak pernah ditinggalkan adalah berziarah kepada para auliya’ atau orang-orang sholeh baik yang masih hidup maupun yang sudah wafat. (Ziaratul Ulama wal auliya ahyaan wa amwatan )

Rumah beliau terbuka 24 jam non stop dan dijadikan tumpuan umat untuk memecahkan segala permasalahan yang mereka hadapi. Semasa beliau berdakwah dalam rangka meningkatkan umat dalam ketaqwan dan ketaatan kepada Allah dan rasul-Nya, pertama sangat menekankan pentingnya cinta kepada Baginda nabi Muhammmad Saw. beserta keluarganya yang dijadikan pintu kecintaan kepada Allah Swt. Kedua kecintaan kepada kedua orang tua dan guru, yang menjadi sebab untuk mengerti cara taqorub, taqwa dan taat kepada Allah dan Rasul-Nya.

Habib Hasan adalah seorang yang lemah lembut dan berakhlak mulia tetapi sangat keras dalam berpegang teguh kepada Syariatilah dan Sunah Rasul. Beliau tidak pernah mendahulukan kepentingan pribadinya.

Banyak amal sirri (rahasia) yang dilakukan oleh beliau setiap malamnya. Sehabis Qiyamull Lail, Habib Hasan berkeliling membagikan beras, jagung dan juga uang kerumah-rumah Fuqor’o wal masakin, anak-anak Yatim dan janda-janda tua. Beliau sangat menghargai generasi muda dan menghormati orang yang lebih dituakan.

Pada waktu hidup, beliau dikenal sebagai seorang yang ahli menghentikan segala perpecahan dan fitnah antar golongan dan suku. Sehingga cara adu domba yang dilakukan pihak penjajah tidak mampu menembusnya. Di samping sebagai ulama’ besar juga menguasai beberapa bahasa dengan fasih dan benar.
Habib Hasan wafat di Semarang dan dimakamkan di depan pengimaman Masjid Al Hidayah Taman duku Lamper Kidul Semarang. Hingga saat ini, banyak peziarah yang yang datang berziarah, berdoa dan bertawassul dimakamnya. Rodliyallahu ‘anhu wanafa’ana bibarokaatihi waanwarihi wa’uluumihi fiddiini waddunya wal aakhiroh..