Kota Seiyun pertama kali disebut dalam sejarah pada abad ke-4 M. Seperti tertulis dalam batu tulis (Ir.37) yang kembali pada masa Raja Dhammar Ali Yahbar (abad ke-4 M), salah satu raja Saba yang kekuasaannya meliputi Saba, Dzi-Raidhan, Hadhramaut, dan Yamanat.  

Disebutkan dalam batu tulis itu, pasukan kerajaan telah sampai ke lembah Hadhramaut dan mengurung Syibam, Rathaghtam, Seiyun, Muraimah, Arahil, dan Tarim. Pasukan ini telah menghancurkan 60.000 penyangga pohon anggur. Batu tulis ini memberi informasi, Seiyun telah ada sejak abad ke-4 M. Di kota ini, dahulu ada benteng pertahanan yang mengindikasikan Kota Seiyun sebenarnya sudah ada sejak beberapa kurun sebelum peristiwa tersebut. Sedangkan penghancuran ribuan penyangga pohon anggur oleh pasukan Saba menyimpulkan, Kota Seiyun dahulu mempunyai perekonomian kuat dengan kebun anggur yang luas. Meskipun kenyataannya, Kota Seiyun sekarang gersang.

Kota Seiyun di masa Sahabat Nabi, hanya dikenal sebagai desa yang terpencil, cabang dari Kota Tarim. Sampai datangnya zaman pemerintahan Umawiyah. Pada tahun 129 H, administrasi kota Seiyun berganti sebagai cabang Kota Syibam yang pada saat itu menjadi Ibu kota Abakhiyyin.  

Di kota ini terjadi beberapa pergantian pemerintahan. Pada tahun 593, Seiyun menjadi pusat pemerintahan Banu Haritsah. Pada tahun 922 H menjadi Ibukota pemerintahan Badr Abu Thuwairiq (922 H - 977 H). Pada saat itu, penyatuan kota atau perkotaan diperluas hingga kota Ain Ba Ma'bad barat dan Kota Dhafar Timur dalam kawasan Seiyun.

Pada abad ke-12 H, Dinasti Yafi' dapat menguasai sejumlah kota di Hadhramaut. Dan dinasti al-Katsiri menguasai kota Seiyun sekaligus menjadikan Seiyun sebagai Ibukota kerajaannya di tahun 1273 H. Lalu mereka membangun benteng yang terkenal dengan nama al-Weil. Di dalamnya terdapat istana (Qashr) Sulthan dan Istana ats-Tsaurah sebagai tempat kediaman Sultan al-Katsiri, Ghalib bin Mukhsin al-Katsiri.

Setelah kolonialisme Inggris runtuh, berakhir pula kekuasaan Dinasti al-Katsiri. Seiyun menjadi kota madya kelima bagian utara, propinsi Hadharamaut  

Dilihat dari segi pembangunannya, Seiyun mengalami perkembangan pesat. Pada abad ke-7, dari sebuah desa kecil terpencil tidak dikenal, kemudian bangunan-bangunan berubah menjulang tinggi dan benteng perbatasan mulai dibangun di sekitarnya pada masa pemerintahan Badr Abu Thuwairiq di tahun 922 H. Benteng perbatasan ini memanjang dari Suhail sampai benteng Duweil dan membelok di depan pemakaman (sekarang) mengarah ke barat hingga gunung al-Qibali. Adapun pintu kota yang disebut ‘as-Siddah’ terletak di seberang rumah sakit pemerintah (sekarang). Benteng ini bertahan hingga tahun 1347 H.

Keistemewaan kota Seiyun dari kota-kota lainya di Hadhramaut antara lain; terletak di tengah-tengah lembah Hadhramaut, antara kota Syibam, dan kota Tarim. Kota ini beriklim sedang. Di musim kemarau, udara pada malam hari juga sedang. Kotanya luas dan masih bisa diperluas lagi, sehingga Seiyun juga dikenal dengan nama at-Tawilah (panjang, red).